下面小編就來分享一下自己當(dāng)初的一些經(jīng)驗(yàn)心得,僅代表個(gè)人看法。
先說體系配置(各組分分開,非預(yù)混液)。配置前先計(jì)算好所需要的各組分體積,統(tǒng)一配置好后再進(jìn)行分裝。有的同學(xué)可能會(huì)心疼試劑,獨(dú)愛單孔配置方式……但對(duì)于實(shí)驗(yàn)來說,一次即可順利獲取有效結(jié)果才是最大的節(jié)約。在體系的配置時(shí)需注意一下各組分的添加順序:先加ddH2O,其余組分再按體積大小依次加入。排液時(shí),吸頭扎入液面以下排液,排出液體后嚴(yán)禁原處反復(fù)吸打潤洗槍頭(引物、酶、模板尤其需要注意)。吸頭有一定的吸附性,液體被排出后,如在原處潤洗組分會(huì)被反吸回吸頭,經(jīng)過三五次的潤洗可能會(huì)使目標(biāo)組分有嚴(yán)重的損失。如果想將吸頭內(nèi)的組分充分轉(zhuǎn)移,換個(gè)位置去潤洗吸頭。體系混勻也需注意,可以用合適量程的移液器緩慢吹打5-10次,也可以緩慢上下顛倒混勻;如果需要用斡旋振蕩器混勻的話,轉(zhuǎn)速盡量控制在600rpm以下,轉(zhuǎn)速過快的話對(duì)酶的損傷較大,低拷貝模板的曲線是否起跳差異會(huì)比較明顯。體系分裝到pcr反應(yīng)管時(shí),移液器保持“吸一打一”的操作,不易生成氣泡。
再說實(shí)驗(yàn)環(huán)境。老生常談的要在超凈工作臺(tái)內(nèi)配置反應(yīng)體系,生物安全柜內(nèi)添加模板。超凈臺(tái)內(nèi),按照常規(guī)操作不會(huì)有太大問題;生物安全柜可是氣溶膠污染的重災(zāi)區(qū)。生物安全柜內(nèi)氣溶膠主要來源于加樣后的棄吸頭,生物安全柜內(nèi)以循環(huán)風(fēng)為主,棄吸頭內(nèi)的殘留模板很容易會(huì)隨循環(huán)風(fēng)彌漫整個(gè)安全柜的內(nèi)環(huán)境,所以每次實(shí)驗(yàn)完都需要及時(shí)把棄吸頭打包好取出安全柜。尤其遇到中午沒有完成整個(gè)實(shí)驗(yàn)下午還要繼續(xù)爆肝的情況,一定要把垃圾桶內(nèi)的棄槍頭清理干凈,如果沒有人使用的話就擦拭后進(jìn)行紫外照射。實(shí)驗(yàn)結(jié)束后的臺(tái)面清理及紫外消殺均屬基操,但需切實(shí)落實(shí)到位。
最后分享一下復(fù)孔實(shí)驗(yàn)如何操作可以提高曲線的成束性。配置反應(yīng)復(fù)孔時(shí),可以參照統(tǒng)一配置體系的操作,將所有反應(yīng)孔的模板和體系混和好再逐孔分裝。這樣可以有效降低跳孔的風(fēng)險(xiǎn)。如果是低拷貝擴(kuò)增(Ct值33以后曲線起跳),就不推薦模板混入反應(yīng)體系再分裝了,此時(shí)還是老老實(shí)實(shí)的逐孔加入模板更為穩(wěn)妥(泊松分布影響明顯)。
此時(shí)是不是覺得自己強(qiáng)的可怕,迫不及待的想要實(shí)驗(yàn)一把?先別急,工欲善其事,必先利其器。柏恒科技專注PCR儀16年,可為您提供各類梯度PCR儀及qPCR儀,助力您的研究!
一.儀器外部清潔
1.用潔凈毛巾或紙巾擦拭整機(jī)的外殼,將儀器挪開原先的位置,清理儀器下面的桌面的灰塵及細(xì)小的雜物,以免桌面上積攢過多導(dǎo)致污染頻出 。
2.檢查儀器進(jìn)風(fēng)口以及出風(fēng)口是有遮擋或灰塵積攢,以免通風(fēng)口被灰塵、纖維等雜物堵塞而造成散熱不好,從而影響儀器升降溫速度和溫控精準(zhǔn)度,造成實(shí)驗(yàn)效果不理想。
3.儀器周圍需要留出20-30厘米空間以保證良好的通風(fēng)散熱,具體要求可參見儀器說明書。?
二.樣品槽清潔
1.檢查PCR儀樣品槽是否潔凈如有污染,可用蘸有75%的棉簽擦拭樣品孔,再在25℃下運(yùn)行2-5min,以蒸干槽內(nèi)的酒精溶液。定期清潔樣品槽,建議半年1次。
2.若是定量PCR儀,樣品孔中若被帶有熒光染料的樣品溶液污染,會(huì)影響實(shí)際樣品的檢測(cè)結(jié)果,所以更需要保證樣品槽的潔凈,建議2-3個(gè)月一次。 ? ?
三.熱蓋清潔
1.檢查熱蓋是否左右晃動(dòng),熱蓋能夠卡緊扣好,以保證程序運(yùn)行過程中樣品沒有蒸發(fā)現(xiàn)象。
2.PCR管蓋上的記號(hào)筆標(biāo)記容易在熱蓋上留下印漬,可定期用蘸有75%酒精的柔軟潔凈布進(jìn)行擦拭,并將熱蓋升溫至99℃保溫3-5min,以去除酒精殘留。
四.測(cè)溫
1.樣品槽溫度的均一性和準(zhǔn)確性關(guān)乎實(shí)驗(yàn)結(jié)果的好壞,建議聯(lián)系廠家或售后由專業(yè)的售后工程師定期對(duì)儀器進(jìn)行溫度測(cè)定及校準(zhǔn),以保證儀器溫控性能正常(尤其是使用3年以上的儀器)。
2.熒光定量pcr儀使用注意事項(xiàng) ? ?
避免腐蝕性液體接觸樣品槽,以免樣品槽表面被腐蝕,造成樣品加熱不均勻。
3.避免PCR儀與冰箱等大功率儀器共用一個(gè)電源接口,大功率儀器的電流波動(dòng)會(huì)導(dǎo)致PCR儀的運(yùn)行不穩(wěn)定,甚至重啟。若是定量PCR儀,會(huì)影響收集到的熒光信號(hào)強(qiáng)度,造成擴(kuò)增曲線的波動(dòng)。
4.儀器在運(yùn)行過程中,禁止強(qiáng)行切斷電源來結(jié)束程序(突遇停電等意外除外),因?yàn)殡娫辞袛嗪螅L(fēng)扇強(qiáng)制停止,導(dǎo)致儀器內(nèi)部元器件散熱不順暢,影響元器件使用壽命。
5.如果發(fā)現(xiàn)儀器降溫速度明顯比正常狀態(tài)的慢,儀器發(fā)燙,或者溫度下降達(dá)不到設(shè)定的溫度,請(qǐng)檢查進(jìn)風(fēng)口和出風(fēng)口是否有異物堵塞。
6.若采用PCR單管做實(shí)驗(yàn)而且樣品量比較少時(shí),為保證熱蓋平整壓在所有樣品管上,建議在樣品槽四個(gè)角放置4個(gè)同類型的空管。
7. PCR反應(yīng)最后低溫保存請(qǐng)?jiān)O(shè)置為:16℃, (切忌4℃長時(shí)間保存,避免儀器過度耗損)。
這個(gè)九月
當(dāng)校園里飄起桂花香
當(dāng)實(shí)驗(yàn)室響起儀器輕鳴
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引言
PCR是分子生物學(xué)研究的基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)之一,常做實(shí)驗(yàn)的同學(xué)或許認(rèn)為非常簡單,但對(duì)新人來說其實(shí)并不是那么友好。今天小編來分享下曾經(jīng)踩過的那些坑(血淚史)……
首先,優(yōu)質(zhì)的模板是成功反應(yīng)的前提。優(yōu)質(zhì)的模板需滿足以下幾點(diǎn):高純度、足夠的長度、適宜的濃度。核酸純度可以用超微量分光光度計(jì)檢測(cè)的兩個(gè)比值來衡量(260/280和260/230)。當(dāng)然超微量也可以檢測(cè)核酸的濃度,但不能有效反應(yīng)核酸的長度。常見的動(dòng)物血液、組織、或者植物組織用超微量分光光度計(jì)檢測(cè)濃度沒有問題,但石蠟包埋樣本或者石蠟切片樣本檢測(cè)就需慎重,使用超微量分光光度計(jì)檢測(cè)純度的同時(shí)需要輔助其他手段驗(yàn)證其濃度是否準(zhǔn)確,比如跑膠看一下是否有明亮光影區(qū)(包埋樣本提取的核酸在所需長度附近有明亮的片狀光影就OK了,基本沒有條帶一說)或者用染料法(Qubit)復(fù)測(cè)一下。最后再說一下適宜的濃度,擴(kuò)增試劑說明書中規(guī)定模板添加體積的同時(shí)大多也會(huì)說明投入核酸的總量,這時(shí)就需要根據(jù)核酸的濃度進(jìn)行簡單的計(jì)算,不足的體積用水補(bǔ)足,投入反應(yīng)的核酸過多反而會(huì)導(dǎo)致非特異產(chǎn)物的增加。如果提取的核酸濃度過低,就只能適當(dāng)?shù)臄U(kuò)大添加體積,不過要適量,擴(kuò)大反應(yīng)體積的同時(shí)也意味著dNTPs、酶、引物等濃度的下降,進(jìn)而影響擴(kuò)增體系的性能。
柏恒科技超微量分光光度計(jì)在檢測(cè)核酸濃度、純度的基礎(chǔ)上還整合了染料法檢測(cè)功能,讓您的核酸質(zhì)控?zé)o憂
其次,搭配合理的反應(yīng)體系是成功反應(yīng)的保障。PCR反應(yīng)的五要素,除了模板其余四項(xiàng)都能歸入反應(yīng)體系的范疇。常規(guī)的PCR實(shí)驗(yàn)中,引物的濃度相對(duì)固定,所以只要找市場(chǎng)上口碑不差的合成公司來合成基本不會(huì)有什么問題。需要注意的是,引物如果溶了應(yīng)立即分裝凍存,最小分裝量根據(jù)每次實(shí)驗(yàn)所需體積自行確定。切忌引物溶解后不進(jìn)行分裝,整管凍存,反復(fù)凍融個(gè)三五次后效果就會(huì)下降不少。鎂離子、DNA聚合酶、dNTPs三者的相關(guān)性較高。dNTPs會(huì)結(jié)合鎂離子,被結(jié)合的鎂離子就無法再和DNA聚合酶結(jié)合,無法激活DNA聚合酶的活性。所以鎂離子的摩爾濃度一定要大于dNTPs的總濃度,但過高濃度的鎂離子在提高酶活和產(chǎn)物量的同時(shí)也提高了PCR反應(yīng)的錯(cuò)配率。所以如果PCR反應(yīng)結(jié)束后需要對(duì)產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序研究就不推薦較高的鎂離子濃度。dNTPs也是類似,較高濃度有助于獲得更多的擴(kuò)增產(chǎn)物,但也會(huì)提高反應(yīng)的錯(cuò)配率。至于聚合酶,現(xiàn)在市場(chǎng)化的商品更青睞于混酶(高保真酶和Taq酶混合)既兼顧擴(kuò)增反應(yīng)的保真又保證了最終產(chǎn)物的得率。概括下來,PCR的反應(yīng)產(chǎn)物若是需要進(jìn)行測(cè)序研究就推薦相對(duì)低濃度鎂離子、dNTPs的反應(yīng)體系,讓堿基序列高度保真;若是僅看擴(kuò)增曲線或者產(chǎn)物條帶的話就推薦較高濃度的鎂離子、dNTPs的反應(yīng)體系,保證有更多/高的產(chǎn)物、信號(hào)。注:PCR反應(yīng)本身存在極低的錯(cuò)配率,對(duì)于分析產(chǎn)物的條帶大小或者qPCR的熒光信號(hào)分析不會(huì)有影響。但若進(jìn)行測(cè)序分析就需要考慮將錯(cuò)配率降至不影響測(cè)序結(jié)果的水平。
最后,相匹配的反應(yīng)程序是成功反應(yīng)的橋梁。模板在一次次的升降溫循環(huán)中完成自身的復(fù)制過程。常見的95℃變性、55℃退火、72℃延伸適用于大多數(shù)反應(yīng),可以得到所需的目標(biāo)產(chǎn)物。但具體到某一實(shí)驗(yàn)時(shí),還需根據(jù)引物的Tm值對(duì)反應(yīng)的溫度進(jìn)行微調(diào),降低非特異擴(kuò)增、增加目標(biāo)產(chǎn)物,以期達(dá)到最佳的反應(yīng)效果。
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2025“年中奮進(jìn)之旅”
—【蓄勢(shì)篇】—
七月的杭州熱情似火
柏恒人以更加熾熱的激情
開啟了2025年中奮進(jìn)之旅!
在這四天里
我們以數(shù)據(jù)丈量成長
用戰(zhàn)略謀劃未來
憑實(shí)力加冕榮耀!
現(xiàn)在
讓我們一同回顧這段濃縮智慧的精彩時(shí)光!
市場(chǎng)戰(zhàn)略雙日談 Day 1-2
1 市場(chǎng)部年中復(fù)盤
市場(chǎng)部率先打響年中第一槍!通過深度復(fù)盤上半年市場(chǎng)表現(xiàn),精準(zhǔn)把脈行業(yè)趨勢(shì),制定了下半年戰(zhàn)略。
2 市場(chǎng)部與研發(fā)部的碰撞
在年中跨部門頭腦風(fēng)暴中,市場(chǎng)部與研發(fā)部的這場(chǎng)關(guān)于產(chǎn)品優(yōu)化及定位的辯論,意外成為最富啟發(fā)性的思想交鋒。
“當(dāng)市場(chǎng)敏銳度遇上技術(shù)創(chuàng)造力,火花就是這么耀眼!”
管理層戰(zhàn)略攻堅(jiān)/銷售精英培訓(xùn) Day 3
部門年中匯報(bào)
核心管理層8小時(shí)高強(qiáng)度閉門會(huì)議:
2025年中管理層會(huì)議系統(tǒng)總結(jié)了公司在技術(shù)創(chuàng)新、市場(chǎng)布局、運(yùn)營優(yōu)化和人才建設(shè)等方面取得的突破性進(jìn)展,同時(shí)明確了下半年戰(zhàn)略目標(biāo)。
在思考的深度決定發(fā)展的高度。
銷售精英培訓(xùn)
為打造一支”懂技術(shù)、精業(yè)務(wù)、善服務(wù)”的銷售狼軍,開展了產(chǎn)品特訓(xùn),來自全國各區(qū)域的銷售精英們?nèi)A麗蛻變!
最好的銷售是能用工程師思維講產(chǎn)品,用客戶語言說價(jià)值。
2025下半場(chǎng),市場(chǎng)部已準(zhǔn)備好打一場(chǎng)漂亮的升級(jí)戰(zhàn)!
北高峰登頂行動(dòng)/年中盛典 Day4
【巔峰一日】
第四天的柏恒年中盛典
將”腳踏實(shí)地”與”年中盛典”完美融合!
從北高峰的晨曦到頒獎(jiǎng)臺(tái)的星光,
這一天注定載入柏恒史冊(cè)!
NO.1?晨光篇:北高峰登頂行動(dòng)
“勇攀高峰,再創(chuàng)巔峰”
銷售狼軍:
早晨7:00集結(jié),登上天下第一財(cái)神廟
財(cái)神廟前許下”業(yè)績長虹”的虔誠心愿
“每登一級(jí)臺(tái)階,都是向年度目標(biāo)邁進(jìn)的一步!”
拜完財(cái)神,信心滿滿!
柏恒銷售部,下半年繼續(xù)加油,
讓業(yè)績和好運(yùn)一起‘噌噌’往上沖!
NO.2?午學(xué)篇:全員能力升級(jí)
在年中盛會(huì)之際,我們特別為全體員工打造了一場(chǎng)干貨滿滿的產(chǎn)品知識(shí)”充電站”!這場(chǎng)培訓(xùn)不僅是對(duì)公司產(chǎn)品線的系統(tǒng)梳理,更是對(duì)”以客戶為中心”理念的深度踐行。
質(zhì)量月活動(dòng):
“質(zhì)量知識(shí)擂臺(tái)賽”上,來自各部門的代表展開了一場(chǎng)別開生面的智慧較量!這場(chǎng)競(jìng)賽不僅檢驗(yàn)了員工對(duì)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的掌握程度,更生動(dòng)詮釋了”質(zhì)量就是企業(yè)生命線”的深刻內(nèi)涵。
這場(chǎng)別開生面的知識(shí)競(jìng)賽,用輕松有趣的方式達(dá)成了嚴(yán)肅的質(zhì)量教育目標(biāo),為”柏質(zhì)·同心”質(zhì)量月活動(dòng)又新增了一亮點(diǎn)。現(xiàn)在,帶著這份對(duì)質(zhì)量的深刻認(rèn)知,全體柏恒人已整裝待發(fā),向著”零缺陷”的目標(biāo)繼續(xù)前進(jìn)!
NO.3?戰(zhàn)略篇:領(lǐng)導(dǎo)力時(shí)刻
全體會(huì)議上:
黃總年中總結(jié)發(fā)言:從銷售突破到生產(chǎn)交付,從產(chǎn)品升級(jí)到流程優(yōu)化——我們用數(shù)據(jù)總結(jié)成長,用問題指明方向。
但比成績更重要的,是共識(shí)的力量:唯有目標(biāo)同頻、思想同步,才能讓‘各自優(yōu)秀’凝聚成‘團(tuán)隊(duì)卓越’!
NO.4?榮耀篇:年中優(yōu)秀員工表彰
2025上半程的精彩,由每一位拼搏者共同書寫!
今天,我們?yōu)殚W耀的「星光」加冕——
是你們用專業(yè)鑄就標(biāo)桿,以創(chuàng)新突破邊界;
讓平凡的工作綻放不凡的光芒!
榜樣如炬,照亮前行之路;
下半程的戰(zhàn)鼓已擂響,讓我們繼續(xù)——
與榮耀同行,向巔峰進(jìn)發(fā)!
【預(yù)告篇】
精彩仍在繼續(xù)!明后兩天,我們將:
安吉團(tuán)建之旅:趣味運(yùn)動(dòng)會(huì)+燒烤晚會(huì)
星空夜話:暢想柏恒美好未來
團(tuán)隊(duì)拓展挑戰(zhàn):勇闖浙北大峽谷
四天的沉淀,一年的能量!
所有蓄力,都是為了更好的迸發(fā)!
2025下半程,柏恒人已整裝待發(fā)!
-END-
]]>[?PCR出現(xiàn)雜帶的處理辦法]
—— ——
PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))和凝膠電泳是分子生物學(xué)研究中常用的技術(shù),它們通常結(jié)合使用以鑒定和分析PCR擴(kuò)增產(chǎn)物。然而,在進(jìn)行PCR凝膠電泳時(shí),經(jīng)常會(huì)在電泳圖譜中發(fā)現(xiàn)雜帶,這些雜帶可能會(huì)干擾實(shí)驗(yàn)結(jié)果,甚至導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗。
本文將探討PCR凝膠電泳過程中雜帶的成因,并提供一些可能的解決方案。
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PCR條件優(yōu)化: 調(diào)整PCR反應(yīng)條件,退火溫度過低會(huì)導(dǎo)致引物與模板的非特異性結(jié)合,從而引發(fā)非特異性擴(kuò)增;退火溫度過高則可能抑制引物與模板的正常結(jié)合,影響擴(kuò)增效率。可以通過梯度PCR實(shí)驗(yàn)逐步確定最佳的退火溫度 一般而言,PCR反應(yīng)的退火步驟的溫度通常在50°C到68°C之間,具體取決于引物的堿基序列和目標(biāo)DNA的特性。有些引物需要更高的退火溫度來確保特定區(qū)域的特異性結(jié)合,但一般情況下,最高退火溫度不會(huì)超過68°C。
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引物設(shè)計(jì)不合理:如果引物長度過短、序列重復(fù)或含有高GC區(qū)域,可能導(dǎo)致引物與模板的非特異性結(jié)合,進(jìn)而產(chǎn)生雜帶。需要重新設(shè)計(jì)引物,確保引物的長度適當(dāng)、序列不重復(fù)、GC含量適中,并避免在引物內(nèi)部或引物與模板的結(jié)合區(qū)域出現(xiàn)高GC區(qū)域。
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引物用量不當(dāng):引物用量過大或特異性不高,可能會(huì)導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增,從而產(chǎn)生雜帶。建議調(diào)換引物或降低引物的使用量。
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模板不純:模板DNA中含有雜質(zhì),如蛋白質(zhì)、RNA或其他非目標(biāo)DNA片段,可能作為PCR擴(kuò)增的模板,導(dǎo)致額外條帶的出現(xiàn)。
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模板降解:模板DNA在提取或儲(chǔ)存過程中發(fā)生降解,產(chǎn)生的小片段DNA可能成為非特異性擴(kuò)增的模板。
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純化模板DNA:PCR實(shí)驗(yàn)中的模板DNA可以來自多種來源,包括基因組DNA(gDNA)、互補(bǔ)DNA(cDNA)以及質(zhì)粒DNA等。然而,不同來源的DNA在組成和復(fù)雜度上可能有所不同,這會(huì)影響PCR擴(kuò)增的最佳起始量。例如,在50 μL的PCR反應(yīng)中,質(zhì)粒DNA僅需0.1–1 ng,而gDNA則需要5–50 ng。此外,所使用的DNA聚合酶類型也會(huì)對(duì)最佳模板起始量產(chǎn)生影響。經(jīng)過改造的DNA聚合酶對(duì)模板的親和力更強(qiáng),靈敏度更高,因此所需的DNA起始量相對(duì)較少。優(yōu)化DNA起始量至關(guān)重要,因?yàn)槠鹗剂窟^高可能導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增的風(fēng)險(xiǎn)增加,而起始量過低則可能降低PCR的得率。有時(shí),PCR實(shí)驗(yàn)方案會(huì)使用拷貝數(shù)來表示DNA起始量,特別是對(duì)于gDNA。拷貝數(shù)的計(jì)算涉及Avogadro常數(shù)和摩爾質(zhì)量,具體公式為:拷貝數(shù) = L × 摩爾數(shù) = L ×(總質(zhì)量/摩爾質(zhì)量)。
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Mg2?濃度過高:Mg2?是PCR反應(yīng)中的重要成分,但其濃度過高會(huì)降低PCR擴(kuò)增的特異性,增加非特異性擴(kuò)增的風(fēng)險(xiǎn)。需要通過實(shí)驗(yàn)確定最佳的Mg2?濃度。
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酶的用量或質(zhì)量不佳:酶的用量過高或酶的質(zhì)量不好,都會(huì)影響PCR反應(yīng)。建議降低酶量或更換另一來源的酶。
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使用熱啟動(dòng)PCR: 熱啟動(dòng)PCR可以減少反應(yīng)在低溫度時(shí)可能引起的非特異性擴(kuò)增。
熱啟動(dòng)PCR是一種用于減少非特異性擴(kuò)增的技術(shù)。在常規(guī)PCR中,當(dāng)反應(yīng)溫度升高到擴(kuò)增溫度之前,引物可能已經(jīng)結(jié)合到模板DNA上。這可能導(dǎo)致在PCR開始階段就發(fā)生非特異性擴(kuò)增,產(chǎn)生雜帶或假陽性結(jié)果。熱啟動(dòng)PCR通過在PCR反應(yīng)中添加熱穩(wěn)定的DNA聚合酶來解決這個(gè)問題。
熱啟動(dòng)PCR的關(guān)鍵是使用一種需要高溫激活的聚合酶。這樣的酶在較高溫度下才會(huì)變活躍,因此在反應(yīng)開始時(shí)才會(huì)開始擴(kuò)增目標(biāo)DNA序列,而不會(huì)在低溫時(shí)引發(fā)非特異性反應(yīng)。
一些常用的熱啟動(dòng)聚合酶包括熱穩(wěn)定的Taq聚合酶的改良版本,例如具有熱活化域的Taq DNA聚合酶,以及Pfu或Phusion等高保真度聚合酶。
所以現(xiàn)在的酶基本上都滿足條件。
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檢查實(shí)驗(yàn)室環(huán)境: 避免DNA污染及實(shí)驗(yàn)儀器的污染,使用無菌技術(shù)和經(jīng)過處理的試劑,保持實(shí)驗(yàn)室清潔。
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梯度優(yōu)化PCR:使用溫度梯度進(jìn)行PCR反應(yīng),尋找最適合特異性擴(kuò)增的溫度。
柏恒科技智能二維梯度PCR儀可在在同一反應(yīng)中同時(shí)優(yōu)化變性及退火的溫度梯度變性可設(shè)橫向8行變性梯度縱向可設(shè)12列退火溫度,從而來優(yōu)化最佳的退火溫度,從而提高PCR反應(yīng)的特異性和效率。
這個(gè)技術(shù)對(duì)于優(yōu)化引物、模板和PCR條件非常有用,以確保獲得高質(zhì)量和特異性的PCR產(chǎn)物。
這些方法可以單獨(dú)或結(jié)合使用,幫助減少或消除PCR雜帶問題。
]]>在聊壓縮時(shí)長之前,需先對(duì)試管(Tube)/模塊(Block)控溫;普通/快速模式幾個(gè)概念進(jìn)行簡介。下面以柏恒Q9606為圖例進(jìn)行說明。
圖1
模塊控溫:反應(yīng)升降溫時(shí),以模塊的實(shí)時(shí)溫度為準(zhǔn)。
試管控溫:反應(yīng)升降溫時(shí),以反應(yīng)管內(nèi)試劑的實(shí)時(shí)溫度為準(zhǔn)。
圖2
圖3
實(shí)驗(yàn)編輯完成后,點(diǎn)擊運(yùn)行按鈕會(huì)彈出提示框(如圖2),選擇快速模式還是普通模式。
以圖3程序?yàn)槔f明:
快速模式:儀器運(yùn)行的升降溫速率為8℃/s,標(biāo)示升降溫速率的全額運(yùn)行實(shí)驗(yàn)。
普通模式:儀器運(yùn)行的升降溫速率為4℃/s,標(biāo)示升降溫速率的半額運(yùn)行實(shí)驗(yàn)。
不同的應(yīng)用場(chǎng)景選擇不同的反應(yīng)模式組合,下面來分享一下如何調(diào)試快速試劑的反應(yīng)程序。
首先,儀器運(yùn)行設(shè)置選擇快速模式+模塊控溫的組合將反應(yīng)時(shí)長進(jìn)行極致壓縮。其次,在總時(shí)長不變的前提下合理分配循環(huán)段變性與退火延伸的時(shí)長。最后,在其次篩選出可用反應(yīng)程序的基礎(chǔ)上進(jìn)行微調(diào),再一次縮短反應(yīng)段的時(shí)長或在總時(shí)長允許的條件下適當(dāng)延長反應(yīng)段的時(shí)長以達(dá)到最優(yōu)的反應(yīng)效果。
因?yàn)榭焖僭噭┧玫臄U(kuò)增酶相較于普通試劑的酶來說有著更為快速的延伸速度,所以在設(shè)置退火延伸段反應(yīng)時(shí)長時(shí)可以進(jìn)行大幅度的壓縮。在壓縮變性反應(yīng)時(shí)長時(shí)須注意,因?yàn)檫x用的是模塊控溫,如果變性時(shí)長過短會(huì)造成試劑的實(shí)際溫度不足95℃或95℃維持時(shí)長不夠而造成模板的解雙鏈不充分進(jìn)而影響信號(hào)的積累,所以變性反應(yīng)段的時(shí)長不宜過度極端。
柏恒Q9600系列可提供最快8℃/sec的升降溫速率,且具備等溫差梯度功能(如圖4),滿足常規(guī)試劑開發(fā)、檢測(cè)的同時(shí)也為快速試劑提供了一個(gè)很好的反應(yīng)平臺(tái)。
圖4
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]]>主要特點(diǎn):
1.能夠測(cè)量微量樣品的吸光度,通常在納升至微升級(jí)別。
2.高靈敏度和精確度,能夠準(zhǔn)確測(cè)量核酸和蛋白質(zhì)的濃度。
3.通常采用紫外-可見分光光度法進(jìn)行測(cè)量。
4.一般具有緊湊的設(shè)計(jì)和易操作的特點(diǎn)。
工作原理:
核酸和蛋白質(zhì)在紫外-可見光波長范圍內(nèi)具有特定的吸光特性。
通過將樣品放置在光路中,利用光源照射樣品,測(cè)量樣品在特定波長下透射或反射的光強(qiáng),即吸光度。根據(jù)樣品在特定波長下的吸光度值,結(jié)合已知的標(biāo)準(zhǔn)曲線或?qū)iT的軟件,可以計(jì)算出核酸或蛋白質(zhì)的濃度。
超微量分光度計(jì)是一種常用的測(cè)定DNA和RNA濃度的方法。
通過測(cè)量特定波長下的光密度(OD值),可以間接計(jì)算出核酸的濃度。
以下是該方法的基本原理和操作步驟:
OD值的含義
OD是optical density的縮寫,表示被檢測(cè)物質(zhì)吸收的光密度。由于核酸中的堿基具有共雙鍵結(jié)構(gòu),因此它們具有紫外光吸收特性。
不同波長的吸收峰
OD260:DNA雙鏈的吸收峰,主要反映DNA的濃度。
OD280:芳香族氨基酸的吸收峰,主要用于判斷蛋白質(zhì)污染程度。
OD230:核酸提取過程中使用的鹽離子在230nm處有吸收峰,如果OD230很高,說明鹽離子濃度較高。
純度判斷
OD260/OD280的比值用于判斷RNA或DNA的純度。高純度的DNA比值應(yīng)該在1.8-2.0之間。
如果比值低于1.8,說明蛋白質(zhì)污染較嚴(yán)重;高于2.0,則說明可能有RNA污染。
操作步驟
準(zhǔn)備核酸樣品:將待測(cè)的DNA或RNA樣品溶解在適當(dāng)濃度的緩沖液中。
測(cè)量OD值:使用產(chǎn)微量分光光度計(jì),分別測(cè)量260nm、280nm和230nm處的光密度。
計(jì)算濃度:根據(jù)已知的摩爾消光系數(shù),計(jì)算DNA或RNA的濃度。
注意事項(xiàng)
實(shí)驗(yàn)過程中要避免蛋白質(zhì)和鹽離子的污染,否則會(huì)影響結(jié)果的準(zhǔn)確性。
測(cè)量時(shí)要保持樣品池和空白池的清潔,避免雜質(zhì)干擾。
常見的用途
無論在物理學(xué)、化學(xué)、生物學(xué)、醫(yī)學(xué)、材料學(xué)、環(huán)境科學(xué)等科學(xué)研究領(lǐng)域 ,還是在化工、醫(yī)藥、環(huán)境檢測(cè)、冶金等現(xiàn)代生產(chǎn)與管理部門 ,紫外可見分光光度計(jì)督有廣泛而重要的應(yīng)用。分光光度計(jì)就是利用分光光度法對(duì)物質(zhì)進(jìn)行定量定性分析的儀器,常用于核酸,蛋白定量以及細(xì)菌生長濃度的定量。
超微量分光光度計(jì)已成為現(xiàn)代分子生物實(shí)驗(yàn)室常規(guī)儀器。
常用于核酸,蛋白定量以及細(xì)菌生長濃度的定量。
核酸的定量
核酸的定量是超微量分光光度計(jì)使用頻率最高的功能。可以定量溶于緩沖液的寡核苷酸,單鏈、雙鏈DNA,以及RNA。
核酸的最高吸收峰的吸收波長260 nm。每種核酸的分子構(gòu)成不一,因此其換算系數(shù)不同。定量不同類型的核酸,事先要選擇對(duì)應(yīng)的系數(shù)。
如:1OD 的吸光值分別相當(dāng)于50μg/ml的dsDNA,37μg/ml的ssDNA,40μg/ml的RNA,30μg/ml的Olig。測(cè)試后的吸光值經(jīng)過上述系數(shù)的換算,從而得出相應(yīng)的樣品濃度。
測(cè)試前,選擇正確的程序,輸入原液和稀釋液的體積,爾后測(cè)試空白液和樣品液。然而,實(shí)驗(yàn)并非一帆風(fēng)順。
讀數(shù)不穩(wěn)定可能是實(shí)驗(yàn)者最頭痛的問題。靈敏度越高的儀器,表現(xiàn)出的吸光值漂移越大。
除了核酸濃度,分光光度計(jì)同時(shí)顯示幾個(gè)非常重要的比值表示樣品的純度,如A260/A280的比值,用于評(píng)估樣品的純度,因?yàn)榈鞍椎奈辗迨?80nm。
純凈的樣品,比值大于1.8(DNA)或者2.0(RNA)。如果比值低于1.8 或者2.0,表示存在蛋白質(zhì)或者酚類物質(zhì)的影響。A230表示樣品中存在一些污染物,如碳水化合物,多肽,苯酚等,較純凈的核酸A260/A230的比值大于2.0。
A320檢測(cè)溶液的混濁度和其他干擾因子。純樣品,A320一般是0。
蛋白質(zhì)直接定量
是在280nm波長,直接測(cè)試蛋白。選擇Warburg 公式,光度計(jì)可以直接顯示出樣品的濃度,或者是選擇相應(yīng)的換算方法,將吸光值轉(zhuǎn)換為樣品濃度。
蛋白質(zhì)測(cè)定過程非常簡單,先測(cè)試空白液,然后直接測(cè)試蛋白質(zhì)。由于緩沖液中存在一些雜質(zhì),一般要消除320nm 的“背景”信息,設(shè)定此功能“開”。與測(cè)試核酸類似,要求A280的吸光值至少大于0.1A,最佳的線性范圍在1.0-1.5 之間。
實(shí)驗(yàn)中選擇Warburg 公式顯示樣品濃度時(shí),發(fā)現(xiàn)讀數(shù)“漂移”。這是一個(gè)正常的現(xiàn)象。事實(shí)上,只要觀察A280的吸光值的變化范圍不超過1%,表明結(jié)果非常穩(wěn)定。漂移的原因是因?yàn)閃arburg 公式吸光值換算成濃度,乘以一定的系數(shù),只要吸光值有少許改變,濃度就會(huì)被放大,從而顯得結(jié)果很不穩(wěn)定。
蛋白質(zhì)直接定量方法,適合測(cè)試較純凈、成分相對(duì)單一的蛋白質(zhì)。紫外直接定量法相對(duì)于比色法來說,速度快,操作簡單;但是容易受到平行物質(zhì)的干擾,如DNA的干擾;另外敏感度低,要求蛋白的濃度較高。
OD 600
實(shí)驗(yàn)室確定細(xì)菌生長密度和生長期,多根據(jù)經(jīng)驗(yàn)和目測(cè)推斷細(xì)菌的生長密度。在遇到要求較高的實(shí)驗(yàn),需要采用分光光度計(jì)準(zhǔn)確測(cè)定細(xì)菌細(xì)胞密度。
OD600是追蹤液體培養(yǎng)物中微生物生長的標(biāo)準(zhǔn)方法。以未加菌液的培養(yǎng)液作為空白液,之后定量培養(yǎng)后的含菌培養(yǎng)液。為了保證正確操作,必須針對(duì)每種微生物和每臺(tái)儀器用顯微鏡進(jìn)行細(xì)胞計(jì)數(shù),做出校正曲線。實(shí)驗(yàn)中偶爾會(huì)出現(xiàn)菌液的OD值出現(xiàn)負(fù)值,原因是采用了顯色的培養(yǎng)基,即細(xì)菌培養(yǎng)一段時(shí)間后,與培養(yǎng)基反應(yīng),發(fā)生變色反應(yīng)。
另外,需注意的是,測(cè)試的樣品不能離心,保持細(xì)菌懸浮狀態(tài)。
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